Bydd y Gweinidog Addysg, Kirsty Williams, yn galw am eglurder ynghylch mynediad sefydliadau Cymru i rwydweithiau ymchwil Ewropeaidd yn y dyfodol.
Bydd y Gweinidog yn cadeirio’r cyfarfod â Gweinidog yr Alban dros Addysg Bellach, Addysg Uwch a Gwyddoniaeth, Richard Lochhead, a Chris Skidmore AS, Gweinidog Gwladol dros Brifysgolion, Gwyddoniaeth, Ymchwil ac Arloesi Llywodraeth y DU.
Bydd swyddogion o Ogledd Iwerddon hefyd yn bresennol yn y cyfarfod yng Nghaerdydd.
Yn ogystal â'r paratoadau ar gyfer Brexit a'i oblygiadau i’r sector Addysg Uwch, disgwylir hefyd i'r Gweinidogion drafod yr adolygiad arfaethedig gan Lywodraeth y DU o Addysg a Chyllid Ôl-18, sydd dan arweiniad Philip Augar.
Meddai Kirsty Williams:
"Daw'r cyfarfod hwn ar adeg gwbl dyngedfennol i'n sector Addysg Uwch, yn ogystal â'r llu o staff a myfyrwyr yr UE sy'n hollbwysig i'n prifysgolion. Mae ein prifysgolion a'n colegau yn gwneud cyfraniad sylweddol i'n heconomi yng Nghymru, gan gyflogi tua 29,000 o bobl, ac maent yn elwa'n fawr ar ein haelodaeth o'r UE.
"Rydw i wedi bod yn eglur bod angen i'n sefydliadau Addysg Uwch gael eglurder ar frys ar nifer o faterion pwysig, gan gynnwys eu hymwneud mewn cynlluniau ymchwil a arweinir gan yr UE, eu cyfranogiad yn Erasmus+ a hawl gwladolion yr UE sy'n gweithio yn ein prifysgolion i barhau i wneud hynny.
"Rwyf eisoes wedi cyhoeddi £3.5m ar gyfer rhaglen sy'n cael ei rhedeg gan brifysgolion Cymru i ddatblygu partneriaethau rhyngwladol a hyrwyddo Cymru fel cyrchfan astudio yn y byd ar ôl Brexit.
"Rwy'n croesawu'r cyfle i weithio gyda'm cymheiriaid i sicrhau nad yw ein colegau a'n prifysgolion dan anfantais ac nad ydynt yn colli'r un geiniog o ganlyniad i Brexit."