Ym mhumed cynhadledd flynyddol Horizon 2020 yng Nghaerdydd, rhybuddiodd y Cwnsler Cyffredinol a'r Gweinidog Brexit, Jeremy Miles, y gallai Brexit - yn enwedig Brexit heb gytundeb - fwrw'r hyder sy'n tyfu ar hyn o bryd yn y sector ymchwil ac arloesi gwyddonol yng Nghymru.
Horizon 2020 yw rhaglen gyllido ymchwil ac arloesi fwyaf yr UE. Mae'n werth tua €80 biliwn rhwng 2014 a 2020, ac mae'n canolbwyntio adnoddau i fynd i'r afael â rhai o'r heriau mwyaf sy'n wynebu cymdeithas, yn ogystal â ffrydiau ymchwil i ddatblygu rhagoriaeth ym maes gwyddoniaeth ac arweinyddiaeth ddiwydiannol.
Ers 2014, mae dros 300 o fusnesau a phrifysgolion Cymru wedi derbyn 120 miliwn ewro gan Horizon 2020, ar ben buddsoddiad ehangach o £340m ym maes ymchwil ac arloesi drwy Gronfeydd Strwythurol yr UE.
Er bod Horizon 2020 yn parhau i fod ar agor i sefydliadau Cymru, gydag €11 biliwn ar gael ar gyfer ceisiadau y flwyddyn nesaf, byddai Brexit heb gytundeb yn golygu na fyddai'r DU yn gymwys ar gyfer rhannau allweddol o'r rhaglen ac ni fyddai'n gallu dylanwadu ar ddatblygiad Horizon Europe - y rhaglen a fydd yn ei olynu ar gyfer 2021 - 2027.
Dywedodd Mr Miles:
"Mae ymchwil ac arloesi yn hollbwysig i Gymru. Mae'n datblygu gwybodaeth, yn annog twf masnachol a gweithgarwch economaidd, ac yn helpu i ddod â gweithwyr medrus a busnesau sy'n tyfu i'r rhanbarth.
"Mae'r bygythiad o gael ymadawiad helyntus heb gytundeb o'r UE yn cynyddu, ac mae'r niwed y gallai wneud i raglenni ymchwil wyddonol Cymru yn achosi pryder gwirioneddol. Mae cyllid Horizon 2020 wedi helpu 277 o brosiectau o Gymru yn y pum mlynedd ddiwethaf, gan gyflwyno cynhyrchion, prosesau a gwasanaethau newydd i'r farchnad fyd-eang, a chefnogi ymchwil ym maes iechyd, yr amgylchedd naturiol a materion llesiant ehangach yng Nghymru.
"Mae hefyd wedi cysylltu mentrau yng Nghymru â thua 3,000 o'r arbenigwyr gwyddonol gorau o'r sector cyhoeddus a phreifat ar draws Ewrop a thu hwnt. Mae'r rhwydweithiau hyn wedi helpu i fanteisio i'r eithaf ar gyfleoedd y gadwyn gyflenwi, ac adeiladu mentrau masnachu aml-ranbarthol.
"Mae Brexit heb gytundeb yn bygwth yr holl gynnydd hwn. Fel gwlad y tu allan i'r UE, byddai Cymru yn cael ei heithrio o elfennau allweddol o raglen Horizon 2020 lle rydym wedi profi'r llwyddiant mwyaf yn y gorffennol. Byddai hyn yn ergyd drom. Mae hyd yn oed risg y gallai Horizon 2020 gystadlu â ni i ddenu ymchwilwyr o'r DU i ail-leoli yn yr UE.
"Rydym yn rhannu blaenoriaethau y DU yn fras ar gyfer Horizon Europe, ac rydym yn gweithio mewn modd adeiladol gyda Llywodraeth y DU yn y camau cynllunio, ond mae'n hanfodol ei bod yn ystyried o ddifrif gymhwysedd datganoledig Cymru ym maes datblygu economaidd. Rydym wedi bod yn gweithio'n ddiflino i sicrhau bod datganoli yn cael ei barchu, a bod cynlluniau'r DU yn adlewyrchu blaenoriaethau Cymru.
"Mae hefyd yn hanfodol ein bod yn diogelu mynediad Cymru at gyllid rhanbarthol drwy gael Cronfeydd Strwythurol newydd. Hyd yma, mae dull gweithredu Llywodraeth y DU mewn perthynas â'r Gronfa Ffyniant Gyffredin yn tanseilio'r gwaith da sydd wedi'i wneud i atgyfnerthu gwaith rhynglywodraethol. Mae'n ychwanegu ansicrwydd, ac yn bygwth twf ac arloesi yng Nghymru. Mae angen i'r ansicrwydd hwn ddod i ben. Mae angen i Lywodraeth y DU fod o ddifrif ynghylch gweithio gyda ni i ddiogelu ein busnesau a'n prifysgolion gwych drwy sicrhau nad yw ymadael heb gytundeb yn opsiwn."